A Seção de Gestão de Convênios no Amapá desenvolve atividades relativas ao acompanhamento e prestação de contas de convênios e demais ajustes de cooperação técnica e financeira para descentralização das atividades, projetos e programas financiados pelo Ministério da Saúde, firmados com órgãos ou entidades públicas federais, estaduais e municipais e ainda com entidades privadas sem fins lucrativos.

Compete ainda a essa unidade, habilitar e manter atualizado o cadastro de habilitação de entidades públicas e privadas, assim como receber e emitir pareceres nos casos de solicitação de reformulação e prorrogação de ajustes, em conformidade com as normas que regulam a matéria.